Trong 4 đoạn của dự án, đến nay, Bộ NN&PTNT đã cấp phép cho TP. Hà Nội xây dựng đoạn 1, 2 và 4. Tháng 5/2021, sau khi lấy ý kiến các ban, ngành và khoan thăm dò địa chất bổ sung, Bộ NN&PTNT đề nghị UBND TP. Hà Nội thay đổi thiết kế đoạn 3 có chiều dài 2,7km do đây là đoạn đê yếu và thấp hơn những đoạn khác trên tuyến.